これは特殊なケースかもしれないが、IE9でテーブルが崩れていた時にボタンのonclick属性が原因だったということがあった。理由はよくわからないが、onclick属性を取り除くことでテーブルのレイアウト崩れが直った。
後からjavascriptでイベントを追加してやる分にはレイアウトは崩れないので、javascriptでボタンのイベントを設定するように変更することで解決する。
例えば、jQueryを使うならば以下のような感じ。
<input type="button" value="ボタン" onclick="clickAction();" /> ↓ <input type="button" value="ボタン" /> <script> $("input[value='ボタン']").click(function () { clickAction(); }); </script>