https://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb822049%28v=vs.110%29.aspx
http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1211/16/news093.html
まず、.NET は 1.0系、1.1系、2.0〜3.5系、4.0〜4.6系とそれぞれ独立したものとして存在し、その間には下位互換性が無い。例えば.NET Framework 4.6 のみがインストールされていても.NET Framework 3.5を対象に製造されたアプリケーションは動かない。
その前提上で、通常のWindowsClient(Windows7とか)には3.5系と4.6系が標準でインストールされている。
(1.0と1.1で動くアプリケーションは、現在ではほぼ存在しない)
WindowsServer(Windows Server 2012とか)には、最新.NET Frameworkのみが標準でインストールされている。
そのため現在のサーバで3.5系で動くアプリケーションを動作させるには、.NET Framework3.5のインストール作業が必要になる。