凄く単純なものならGUIを使わなくても「git add -p」コマンドでいい。
複雑な変更の一部をコミットしたいならば、
git checkout -b changes git commit -am 'changes' git checkout-index -af --prefix=../changes/ git checkout 《元のブランチ》
とやって、変更が反映されたディレクトリと、変更が反映されてない作業コピーを用意する。
あとはこの2つをWinMergeなりなんなりのGUIツールで比較・編集して必要な変更を作業コピーに反映させてgit commitすればいい。