GitでGUIを使って部分的にコミットする方法

凄く単純なものならGUIを使わなくても「git add -p」コマンドでいい。
複雑な変更の一部をコミットしたいならば、

git checkout -b changes
git commit -am 'changes'
git checkout-index -af --prefix=../changes/
git checkout 《元のブランチ》

とやって、変更が反映されたディレクトリと、変更が反映されてない作業コピーを用意する。
あとはこの2つをWinMergeなりなんなりのGUIツールで比較・編集して必要な変更を作業コピーに反映させてgit commitすればいい。