SQL ServerにはMDBからデータをインポートできる機能がある

https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc708919.aspx
データベースを右クリック→タスク→データのインポート……で「インポートおよびエクスポートウィザード」を開いてインポート元にMicrosoftAccess、インポート先にSQL Server Native Clientを指定してやることでインポートできる。