これは意図せず「Ctrl+Alt+Tab」を押してしまっていることが原因。
「Alt+Tab」はウインドウ切り替え画面をAltキーを離すまで表示するショートカットキーだが、「Ctrl+Alt+Tab」はウインドウ切り替え画面をEnterやマウスクリックで選択するまで表示するショートカットキーである。
……かと思ったら違うわ。
「Ctrl+Alt+Tab」で開いた切り替えウインドウはalt押しても消えないけど問題のケースはalt押すと消えた。
なんかの拍子にalt押上イベントが処理されてないことが原因な気がする。